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1987年8月，刘亚东任国务院国际问题研究中心咨询研究员，1992年8月起进入科技日报社工作，历任记者、新闻中心主任、编委、副总编辑、总编辑。其间，他曾于1994年-1999年任科技日报驻联合国暨纽约首席记者。

公开资料显示，刘亚东1984年7月毕业于清华大学电子工程系无线电技术与信息系统专业，获工学学士学位；1987年7月毕业于清华大学电子工程系通信与电子系统专业，获工学硕士学位；1992年7月毕业于北京大学国际政治系国际关系与国际组织专业，获法学博士学位。

1996年至2018年间，刘亚东先后十次荣获中国新闻奖。他于2007年被新闻出版总署评为全国新闻出版行业领军人才，2008年获中国新闻界最高人物奖——长江韬奋奖（长江系列），2010年获颁国务院特殊津贴，2011年被评为全国宣传文化系统“四个一批”人才，2015年获首届中国科技传播奖。

2019年7月，刘亚东任南开大学新闻传播学院（筹）院长、教授、南开大学杰出教授，并于2021年9月起任南开大学新闻与传播学院院长。

tb体育平台3月15日，澎湃新闻（www.thepaper.cn）查询南开大学新闻与传播学院官网“组织机构”一栏注意到，刘亚东已不再担任学院院长，但仍担任学院党委委员职务。